Sáng ngày 18 tháng 4 năm 2001 tại điễm khai thác quặng titan số 3 trên bờ biễn xã Phú Diên, huyện Phú Vang , tỉnh Thừa Thiên - Huế, một nhóm công nhân của Xí nghiệp Titan II đã tình cờ phát hiện một công trình kiến trúc độc đáo bằng gạch nằm sâu dưới lòng cát
Việc tiến hành khai quật chính thức được thực hiện vào tháng 9.2001, theo nhận định của các nhà chuyên môn đây là ngôi tháp Chàm cổ còn khá nguyên vẹn so với những công trình kiến trúc Chàm khác được tìm thấy trong khu vực Thừa Thiên Huế
Tháp được vùi sâu dưới lòng cát từ 5 – 7 m , thấp hơn mực nước biển hiện tại là 3-4 m và chỉ cách mép nước biễn 120 m
Tháp được đặt tên là Mỹ Khánh do được tìm thấy ở thôn Mỹ Khánh , xã Phú Diên. Qua khai quật khảo cổ kiến trúc cổ Chàm bị vùi sâu trong lòng cátnày, tháp có hình đồ kiến trúc hình chữ nhật mặt bằng lớp dưới cùng dài 8,22m, rộng 7,12m. Phần cấu trúc xây dựng tháp bao gồm phần móng tháp, đế tháp, chân tháp, thân tháp, diềm mái tháp và lòng tháp. Nhận định bước đầu cho thấy tháp Mỹ Khánh thuộc dạng tháp Lùn trong nghệ thuật kiến trúc tháp Chàm. Ðây là nhóm tháp khởi đầu của kiến trúc tôn giáo Chàm khi chuyển sang xây dựng bằng chất liệu bền vững, và là một trong những kiến trúc tháp có niên đại sớm nhất trong lịch sử kiến trúc tháp Chàm hiện nay.