Ông Nguyễn Phú Trọng giữ chức tổng bí thư suốt ba nhiệm kỳ. Trong nhiệm kỳ tổng bí thư đầu tiên, ông đã tập trung vào việc giành lại quyền lực từ phía chính phủ và hạ đối thủ chính trị lớn nhất khi đó là Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng.
Ngày 15/10/2012, công chúng xem truyền hình có dịp chứng kiến giọt nước mắt của ông Nguyễn Phú Trọng với giọng nói nghẹn ngào tại Hội nghị Trung ương 6 của Đảng khi nói về “trách nhiệm chính trị đối với tập thể Bộ Chính trị và một đồng chí trong Bộ Chính trị”.
Sau đó, Chủ tịch nước Trương Tấn Sang đã nhắc lại hình ảnh này, nhấn mạnh đến việc Bộ Chính trị đã không kỷ luật "đồng chí X".
Kể từ khi về hưu “làm người tử tế” vào năm 2016, cựu Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng ít xuất hiện trước công chúng thời ông Trọng cầm quyền. Tới thời Tổng Bí thư Tô Lâm, tần suất xuất hiện của ông Dũng nhiều và nổi bật hơn.
Suốt hơn 13 năm nắm quyền lãnh đạo Đảng, cố Tổng bí thư Nguyễn Phú Trọng đã để lại không ít di sản, từ ngoại giao đến nội trị, từ củng cố quyền lực của Đảng đến chống tham nhũng.