Trước đây, TAND TP Hà Nội tuyên án sơ thẩm đối với 14 bị cáo trong vụ này. Sau đó, TAND TP Hà Nội đã nhận được đơn kháng cáo của 11 bị cáo. Trong đơn kháng cáo, 11 bị cáo đề nghị Tòa án cấp phúc thẩm xem xét giảm nhẹ hình phạt, miễn trách nhiệm nộp tiền khắc phục hậu quả vụ án.
Sau phiên toà sơ thẩm, Viện KSND TP Hà Nội cũng đã kháng nghị bản án. Theo kháng nghị của Viện KSND TP Hà Nội, tại phiên tòa sơ thẩm, TAND TP Hà Nội đã không triệu tập người đại diện Công ty Nhật Cường tham gia phiên tòa với tư cách là người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan là thiếu sót.
Về phần áp dụng biện pháp tư pháp, Quyết định kháng nghị của Viện kiểm sát nêu rõ, quá trình điều tra cũng như kết quả xét hỏi tại phiên tòa xác định, toàn bộ khoản tiền 221 tỷ đồng thu lời bất chính từ hành vi buôn lậu được nhập vào Công ty Nhật Cường, theo dõi, hạch toán, quản lý trên phần mềm ERP của Công ty Nhật Cường do bị can Bùi Quang Huy (Tổng Giám đốc Công ty Nhật Cường) là chủ sở hữu toàn bộ công ty này.
8 bị cáo từ Phó Tổng Giám đốc đến nhân viên Công ty Nhật Cường đều là người làm công ăn lương, giữ vai trò giúp sức cho bị can Bùi Quang Huy, không được ăn chia khoản tiền thu lợi bất chính này. Do đó, Viện kiểm sát kháng nghị phần quyết định về biện pháp tư pháp của Bản án hình sự sơ thẩm số 144/2021/HS-ST ngày 10/5/2021 của TAND TP Hà Nội.
Cụ thể, Viện KSND TP Hà Nội đề nghị TAND cấp cao tại Hà Nội xét xử phúc thẩm vụ án, sửa Bản án hình sự sơ thẩm số 144/2021 HS-ST ngày 10/5/2021 của TAND TP Hà Nội theo hướng: Đưa Công ty Nhật Cường tham gia tố tụng với tư cách là người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan; buộc Công ty Nhật Cường phải nộp lại khoảntiền 221 tỷ đồng thu lợi bất chính từ hành vi buôn lậu để tịch thu sung quỹ Nhà nước. Không buộc các bị cáo: Trần Ngọc Ánh, Nguyễn Bảo Ngọc, Đỗ Quốc Huy, Nông Văn Lư, Trần Tất Khoa, Lê Hoài Phương, Ngô Tuấn Sửu, Ngô Đức Tùng, Hoàng Văn Phong, Nguyễn Bảo Trung, Phạm Văn Hiệp, Bùi Quốc Việt và Đỗ Văn Dũng phải liên đới nộp lại khoản tiền thu lợi bất chính 221 tỷ đồng.