Sáng ngày 18 tháng 4 năm 2001 tại điễm khai thác quặng titan số 3 trên bờ biễn xă Phú Diên, huyện Phú Vang , tỉnh Thừa Thiên - Huế, một nhóm công nhân của Xí nghiệp Titan II đă t́nh cờ phát hiện một công tŕnh kiến trúc độc đáo bằng gạch nằm sâu dưới ḷng cát
Việc tiến hành khai quật chính thức được thực hiện vào tháng 9.2001, theo nhận định của các nhà chuyên môn đây là ngôi tháp Chàm cổ c̣n khá nguyên vẹn so với những công tŕnh kiến trúc Chàm khác được t́m thấy trong khu vực Thừa Thiên Huế
Tháp được vùi sâu dưới ḷng cát từ 5 – 7 m , thấp hơn mực nước biển hiện tại là 3-4 m và chỉ cách mép nước biễn 120 m
Tháp được đặt tên là Mỹ Khánh do được t́m thấy ở thôn Mỹ Khánh , xă Phú Diên. Qua khai quật khảo cổ kiến trúc cổ Chàm bị vùi sâu trong ḷng cátnày, tháp có h́nh đồ kiến trúc h́nh chữ nhật mặt bằng lớp dưới cùng dài 8,22m, rộng 7,12m. Phần cấu trúc xây dựng tháp bao gồm phần móng tháp, đế tháp, chân tháp, thân tháp, diềm mái tháp và ḷng tháp. Nhận định bước đầu cho thấy tháp Mỹ Khánh thuộc dạng tháp Lùn trong nghệ thuật kiến trúc tháp Chàm. Đây là nhóm tháp khởi đầu của kiến trúc tôn giáo Chàm khi chuyển sang xây dựng bằng chất liệu bền vững, và là một trong những kiến trúc tháp có niên đại sớm nhất trong lịch sử kiến trúc tháp Chàm hiện nay.