Ngày 10-9-2019, John R. Bolton đă đệ tŕnh đơn từ chức Cố vấn An ninh quốc gia Hoa Kỳ lên tổng thống Donald Trump. Ngoài các phần thủ tục, là đơn chỉ có hai ḍng chữ:
"Tôi xin từ chức, có hiệu lực ngay lập tức, với tư cách là Trợ lư của Tổng thống về các vấn đề an ninh quốc gia. Cảm ơn v́ đă cho tôi cơ hội để phục vụ đất nước của chúng ta".
Về sự việc này, trên trang Twitter của ḿnh, Tổng thống Hoa Kỳ Donald Trump viết:
"Tôi đă thông báo cho John Bolton tối qua rằng sự phục vụ của ông ấy không c̣n cần thiết ở Nhà Trắng nữa. Cũng giống như nhiều quan chức khác trong chính quyền, tôi bất đồng sâu sắc với nhiều đề xuất của ông ấy, nên tôi đă yêu cầu John từ chức"