Ngôi nhà rùng rợn này xuất hiện từ thế kỷ 12 do bắt nguồn từ nhu cầu thực tế khi các nghĩa trang của ngôi làng ven hồ ngày càng chật chội để cất giữ hết số đầu lâu của người dân trong vùng. Hơn nữa, tại thời điểm đó, hỏa táng bị cấm và thi thể chỉ được phép chôn cất trong vòng 10-15 năm và sau đó phải được đào lên để đưa tới cất giữ tại nhà xương.

Tuy nhiên, trước khi được đưa tới nhà xương, những chiếc sọ người phải được phơi dưới nắng mặt trời và ánh trăng cho tới khi có màu trắng ngà. Chiếc sọ cuối cùng được đưa vào Beinhaus vào năm 1995. Đó là sọ của một người phụ nữ qua đời vào năm 1983 và có mong ước được đặt sọ của mình vào trong ngôi nhà xương nổi tiếng.